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碧云天高通量測序生物送樣要求

注：以上樣品制備與質(zhì)檢技術(shù)服務(wù)項目僅作為高通量測序的配套服務(wù)，不單獨提供相應(yīng)服務(wù)。

碧云天高通量測序技術(shù)服務(wù)詢價與訂購：

1. 請您下載并填寫《 碧云天高通量測序服務(wù)詢價表》，發(fā)送至ngs@beyotime.com，我們將為您設(shè)計最佳方案。

2. 若有訂購意向，碧云天的高通量測序技術(shù)服務(wù)人員會與您聯(lián)系，并簽訂《碧云天高通量測序技術(shù)服務(wù)協(xié)議書》。

3. 送樣時，請下載并填寫《碧云天高通量測序生物樣品信息表》，發(fā)送至ngs@beyotime.com或碧云天高通量測序技術(shù)服務(wù)人員郵箱。樣品的具體要求參見《碧云天高通量測序生物送樣要求》。

碧云天高通量測序技術(shù)服務(wù)優(yōu)勢：

1. 技術(shù)經(jīng)驗豐富：碧云天擁有強(qiáng)大的技術(shù)團(tuán)隊，具有多年的核酸純化試劑盒開發(fā)經(jīng)驗，在核酸樣品處理方面有豐富的操作經(jīng)驗。

2. 分析能力強(qiáng)：碧云天有專業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊，為您提供完善的分析服務(wù)。

3. 服務(wù)全面快速：碧云天有多年的試劑研發(fā)經(jīng)驗，有完備的分子生物學(xué)產(chǎn)品線和完善的生物技術(shù)服務(wù)體系，可為您后繼實驗提供跟蹤服務(wù)。另外，我們承諾以最快的速度去解決您遇到的問題。

4. 實驗平臺靈活：碧云天現(xiàn)在主要利用主流的Illumina平臺為主，可以根據(jù)實驗?zāi)康暮鸵箪`活運(yùn)用不同的實驗平臺的優(yōu)勢。

5. 性價比高：碧云天以最優(yōu)惠的價格為您提供最全面的服務(wù)，幫助您有效節(jié)約實驗成本。

碧云天高通量測序技術(shù)服務(wù)客戶須知：

1. 樣品寄出前，請給ngs@beyotime.com或碧云天高通量測序技術(shù)服務(wù)人員郵箱發(fā)送一份填寫完整的電子版《碧云天高通量測序生物樣品信息表》；如有特殊情況，請在快遞發(fā)出前與碧云天高通量測序技術(shù)服務(wù)人員電話聯(lián)系，比如客戶自送樣品、提前寄送樣品、有其它物品隨樣品一起快遞需要額外點收等，以便安排人手，防止丟失。

2. 請將填寫完整的紙質(zhì)版《碧云天高通量測序生物樣品信息表》以及其它技術(shù)資料(如有)密封于塑料袋內(nèi)，隨樣品一起寄出；協(xié)議書和硬盤(數(shù)據(jù)量較大，需硬盤存儲)請另單快遞給對應(yīng)接收人員，不要與樣品一起快遞，既避免物流分揀環(huán)節(jié)導(dǎo)致合同和硬盤遺失，也避免干冰或藍(lán)冰冷凝水可能損壞文件和硬盤。

3. 如果需要進(jìn)行生物信息學(xué)分析，請在《碧云天高通量測序生物樣品信息表》的“項目描述”欄目里注明。

4. 樣品置于1.5ml或其它型號的低吸附離心管里；管上清楚標(biāo)明樣品名稱，樣品管上的名稱要與《碧云天高通量測序生物樣品信息表》一致，請雙人核實無誤；用parafilm膜把樣品管纏緊密封好；將樣品管置于保護(hù)用的50ml離心管或其它容器里，用適量紙、紗布或棉花塞緊，防止樣品管晃蕩，旋緊蓋子。

5. 根據(jù)樣品類型選擇室溫、藍(lán)冰或者干冰包裝，選擇最快的運(yùn)輸方式以免樣品降解；合理安排發(fā)貨時間，避免周六、周日或法定節(jié)假日到達(dá)，以免樣品丟失。低溫運(yùn)輸采用安全的干冰，不要用危險的液氮；液氮如果滲進(jìn)樣品管，在溫度發(fā)生變化時因體積膨脹有可能導(dǎo)致爆炸，毀壞樣品。

6. 項目結(jié)束后，剩余樣品免費(fèi)保存6個月；如果需要延長保存期或者返還，請?zhí)崆芭c碧云天高通量測序技術(shù)服務(wù)人員聯(lián)系。

7. 其它詳細(xì)的樣品要求請見《碧云天高通量測序生物送樣要求》。

碧云天簡化重亞硫酸鹽甲基化測序技術(shù)服務(wù)項目明細(xì)：

簡化重亞硫酸鹽甲基化測序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS)： 通過酶切富集啟動子及CpG島區(qū)域，并進(jìn)行Bisulfite測序，從而研究甲基化與基因表達(dá)的相關(guān)性及在生命活動中的作用。

技術(shù)流程

技術(shù)參數(shù)

測序平臺與方式：HiSeq, PE150
測序數(shù)據(jù)量：建議5-6 Gb/樣本(約30-40M Reads)
測序及基礎(chǔ)分析周期：20個工作日

樣品要求

1. 樣品總量：≥ 3 μg DNA（常規(guī)樣本），≥ 5 μg DNA（FFPE或降解DNA樣本）。

2. 樣品純度：OD_260/280 = 1.8-2.0。

3. 樣品完整性：DNA無明顯降解與蛋白污染，需提供凝膠電泳檢測膠圖。

4. 樣品運(yùn)輸：DNA低溫運(yùn)輸(-20℃)；且在運(yùn)輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染；收到樣品后，甲方需要對樣品進(jìn)行檢測，最終樣品的量和純度，以甲方的檢測結(jié)果為準(zhǔn)。

數(shù)據(jù)分析內(nèi)容

1. 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估(QC)

2. 比對到參考基因組與數(shù)據(jù)統(tǒng)計

3. Promoter與CGI甲基化水平分析

4. Promoter與CGI覆蓋度和測序深度分析

5. 差異Promoter檢測

6. 差異Promoter基因GO功能注釋分析

7. 差異Promoter基因的生物學(xué)通路分析

應(yīng)用案例

非CpG島甲基化在人不同類型細(xì)胞中的分布和差異
Ziller MJ, Müller F, Liao J, et al. Genomic distribution and inter-sample variation of non-CpG methylation across Human Cell Types. PLoS Genet., 2011,7: e1002389.

DNA甲基化發(fā)育和疾病中起著重要的作用。脊椎動物的DNA甲基化主要位點是在CpG二核苷酸的胞嘧啶背景下，此類型大約占人類細(xì)胞和小鼠細(xì)胞的總甲基化含量四分之三。盡管我們對CpG甲基化的基因組分布、個體間的穩(wěn)定性、功能作用有深入的研究，但是對CPA，CPT和CPC（非CpG島）二核苷酸的DNA甲基化方面知之甚少。
利用RRBS測序?qū)θ祟惗喙δ芗?xì)胞和分化細(xì)胞的非CpG甲基化與76個基因組庫的DNA甲基化圖譜進(jìn)行深入分析，確認(rèn)非CpG甲基化主要存在多能干細(xì)胞類型，與DNMT3表達(dá)水平存在很強(qiáng)的相關(guān)性，并可能與CpG甲基化存在空間上的相關(guān)性。

人類不同細(xì)胞類型的CpG甲基化和分布情況
CpA甲基化情況和DNMT3基因表達(dá)水平密切相關(guān)

簡化重亞硫酸鹽甲基化測序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS)是一種準(zhǔn)確、高效、經(jīng)濟(jì)的DNA甲基化研究方法，通過酶切富集啟動子及CpG島區(qū)域，并進(jìn)行Bisulfite測序，同時實現(xiàn)DNA甲基化狀態(tài)檢測的高分辨率和測序數(shù)據(jù)的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點，與基因表達(dá)、表型性狀息息相關(guān)。RRBS作為一種高性價比的甲基化研究方法，在大規(guī)模臨床樣本的研究中具有廣泛的應(yīng)用前景。利用RRBS可以實現(xiàn)多個樣本的比對基因組分析。

碧云天高通量測序與數(shù)據(jù)分析技術(shù)服務(wù)項目表：

備注：質(zhì)檢首次免費(fèi)，如果樣品首次質(zhì)檢不通過，后續(xù)再進(jìn)行質(zhì)檢每樣加收100元。核酸抽提與質(zhì)檢、自制文庫質(zhì)檢以及數(shù)據(jù)分析報價如下。

碧云天高通量測序樣品制備與質(zhì)檢技術(shù)服務(wù)項目表：

簡化重亞硫酸鹽甲基化測序(RRBS)NGS測序 其他資料,簡化重亞硫酸鹽甲基化測序(RRBS)

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注：該產(chǎn)品未在中華人民共和國食品藥品監(jiān)督管理部門申請醫(yī)療器械注冊和備案，不可用于臨床診斷或治療等相關(guān)用途